В отчетах Службы за июнь 1553 года сказано: «И восста на того сатанинского пардуса, и посла витязя Ермогена Леща Одурина, и другова витязя Онисима Кошку Оболенскаво и отрока Гришку Малюту Бельскаво, дабы поймать того пардуса. И бысть сеча велика, и пардус помре, и Ермоген Лещ Одурин помре, а Онисим Кошка Оболенский изъязвлен зело бысть и схиму прийма. Государем же Гришке Малюте Бельскаму пожалован крестовик злат и честь велика бысть». В дальнейшем Скуратов-Бельский возглавляет «Опричную опричнину» — собственно Службу, которая была уравнена в правах с опричным войском, но формально не входила в его состав.
Будучи весьма близок к царю, Григорий Бельский поддался на его уговоры и вошел также в состав правительства.
Он возглавил опричное сыскное ведомство, высшую полицию по делам государственной измены, на каковом посту и находился вплоть до роспуска опричнины. Очень скоро он осознал свою ошибку, но был не в силах предать царя Ивана и служил ему верой и правдой, зачастую используя Службу в интересах политики. На общем совете высших руководителей Службы было принято решение отстранить Скуратова от руководства, оставив его, однако, в рядах охотников. 1 января 1573 года была инсценирована гибель Малюты Скуратова, после чего он был отправлен в Тибет, где и находился вплоть до 1726 года. В 1812 году Скуратов-Бельский был одним из шести русских охотников, ценой своих жизней уничтоживших гранта, вызванного корсиканским Черным Кругом для помощи Наполеону.
Особого расцвета Служба достигает при Борисе Годунове, сын которого, генерал-полковник Федор Борисович Годунов, вот уже на протяжении трех веков бессменно возглавляет Управление Специальных Операций. Это было время самых значительных успехов с момента основания Службы на Руси. Было раздавлено восстание, возглавляемое оборотнем-берендеем Косолапом. Была построена звонница Иван Великий, бывшая фактически громадным оберегом от нечисти. Из состава стремянного полка и сидельцев были выделены две специальные сотни, названные «Белый полуполк», в дальнейшем превратившийся в группу оперативного обеспечения Службы. Были налажены связи с турецкими Sipah Peygamber, и многое другое, о чем умалчивала официальная история.
После того как был отыскан последний потомок князей Чистой Крови, известный под именем Дмитрия I, Борис Годунов ушел в Соловецкую обитель, где и принял схиму. Федор Борисович Годунов был отправлен на обучение: сперва в Южную Америку, а затем в Тибет и Японию.
Гибель Дмитрия поставила Русь в крайне тяжелое положение. Власть в стране захватил Шуйский, являвшийся симбиотом королевы-подгребина. Отчаянное положение, сложившееся в связи с этим, вынудило Службу активно вмешаться в политическую ситуацию в стране. Сопротивление симбиоту оказали охотник Иван Болотников, кличка Ладья, и защитник Прокопий Ляпунов, кличка Резанец. Однако подгребин сумел зачаровать Резанца, после чего Болотников был захвачен в плен, подвергнут ритуальному ослеплению и принесен в жертву с целью вызова охотника на охотников. Именно к этому периоду относится первая и единственная попытка Службы наладить связь с Каббалой. Тогдашний глава приказа Специального Розыска — князь Дмитрий Пожарский — вышел на контакт с нижегородским цадиком, резником Минкиным, который принял активное участие в борьбе с вурдалаками высшего вампира Лисовского, оборотнями Лжедмитрия (Второго) и другими исконными врагами. Общими усилиями Службы и Каббалы нарождавшееся на Руси царствие нечисти было уничтожено, однако сразу же возникли противоречия между недавними союзниками. В результате краткого, но крайне напряженного столкновения Каббалы и Службы были убиты Дмитрий Пожарский, цадики Минкин и Исраэль Саруг, а сама Каббала на территории Русского государства была запрещена более чем на полтора века.
При Алексее Михайловиче Тишайшем, который не был охотником, но был, вероятно, одним из лучших в истории защитников, Служба получила новое название: «Тайный Государев приказ». Единственным громким успехом в тот период было уничтожение высшего вампира, принявшего облик польского магната Иеремии Вишневецкого, однако именно это время характеризуется как одно из наиболее спокойных и стабильных в работе Службы. Короткое царствование сына Алексея Михайловича Федора ознаменовалось установлением и закреплением контакта с экстернальным существом — Бабой Ягой. Уровень подготовки тогдашних научно-исследовательских групп не позволил провести широкомасштабные исследования данного создания, однако было с максимальной достоверностью установлено, что Баба Яга не несет никакой угрозы для человека и иногда может быть использована в качестве «оракула», знающего ответы на любые вопросы.
В правление Петра I Служба получает новое название: «Обер-лейб-оппозицион-безгейштарц-коллегия» — «Высшая придворная коллегия противодействия нечистой силе», и активизирует свои зарубежные контакты. К этому времени относится значительное расширение связей со Святой Инквизицией и установление взаимодействия с японскими коллегами из «Райтоюнитто». В этот же период в нее включается Тайная Розыскная Канцелярия Священного Синода, появившаяся в связи с отменой патриаршества в Москве. В заслуги Службы того периода можно поставить активное противодействие шведским оборотням-берсеркам, приведшее в конце концов к гибели их повелителя — короля Карла XII.
Очень сложной оказалась работа Службы в течение восемнадцатого столетия из-за многочисленных переворотов и еще более многочисленных заговоров. Слишком часто в такие комплоты вовлекались представители самой разнообразной нечисти и черных магов. Особенно много хлопот Службе доставила кицуне, известная под именем Тараканова. Несколько защитников и один охотник погибли, пытаясь ее остановить, а другой охотник — Алексей Орлов — подпал под ее влияние и сам чуть не учинил государственный переворот, в последний момент остановленный вмешательством святого Сергия Шухтомского. С большим трудом Службе удалось уничтожить черного подменыша, который пребывал в заключении, приняв на себя личину Иоанна VI. Но самой знаменитой, хотя, к сожалению, и неудачной, операцией Службы в восемнадцатом веке принято считать попытку объединения с Мальтийским орденом Иоаннитов. В короткий период единства расширившейся и усилившейся Службе, получившей при Павле I наименование «Обер-коллегии по делам веры и благочиния при Его Императорского Величества собственной Тайной Канцелярии», от нечисти были полностью очищены Урал, Малороссия, Таврия, Крым и Прибалтийские губернии. Гибель императора Павла, свершенная по прямой указке охотника на охотников, поставила вопрос о самом существовании Службы, и лишь ценой неимоверных усилий удалось нейтрализовать последствия этого поражения.